L'élaboration du système a commencé avec pour objectif d'harmoniser les systèmes existants et de créer un système unique à l'échelle mondiale, qui serait capable de couvrir la classification des produits chimiques en fonction de leur danger potentiel, et de proposer un système d'étiquetage et de fiches de données de sécurité correspondants. Le concept n'était pas entièrement nouveau puisque des systèmes de classification et d'étiquetage harmonisés existaient déjà pour les dangers physiques et la toxicité aiguë dans le secteur du transport, basé sur le travail du Comité d'experts pour le transport des marchandises dangereuses du Conseil économique et social de l'ONU. Toutefois, l'harmonisation n'avait pas touché des secteurs comme la sécurité sur le lieu de travail ou la protection du consommateur ; et même, à l'intérieur d'un pays, les exigences du secteur des transports n'étaient pas harmonisées avec celles des autres secteurs d'activité.

Le mandat international, qui a donné l'impulsion initiale à ce travail, était inclus dans le chapitre 19 d'Action 21 adopté à la Conférence sur l'environnement et le développement des Nations unies à Rio, en 1992. Les travaux ont été coordonnés et dirigés sous la supervision du Groupe de coordination pour l'harmonisation des systèmes de classification des produits chimiques (GC HSSC) du Programme inter-organisations pour la gestion rationnelle des produits chimiques (IOMC). Les principales organisations ayant participé à ces travaux sont :

Tout ce travail n'a pu se faire que grace à un engagement de longue durée de toutes ces organisations, effort qui s'est poursuivi durant plusieurs années.

Par sa résolution 1999/65 du 26 octobre 1999, le Conseil économique et social des nations unies a décidé d'élargir le mandat du Comité d'experts du transport des marchandises dangereuses pour le restructurer en Comité d'experts du transport des marchandises dangereuses et du système général harmonisé de classification et d'étiquetage des produits chimiques, et créer , à côté du Sous-comité d'experts du transport des marchandises dangereuses, un nouveau sous-comité, le Sous-comité d'experts du système général harmonisé de classification et d'étiquetage des produits chimiques.

Dans son plan de mise en application (paragraphe 22 c) adopté à Johanesbourg le 4 septembre 2002, le Sommet pour le developpement durable à encouragé les pays à mettre en œuvre le Système général harmonisé aussitôt que possible de façon à ce qu'il soit complètement opérationnel avant 2008.

La première version du SGH a été adopté en décembre 2002 par le Sous-comité d'experts du système général harmonisé de classification et d'étiquetage des produits chimiques, et approuvé par le Comité d'experts du transport des marchandises dangereuses et du système général harmonisé de classification et d'étiquetage des produits chimiques.

À sa deuxième session (10 décembre 2004), le Comité d’experts a adopté une série d’amendements qui comprennent aussi de nouvelles dispositions pour la toxicité par aspiration ainsi que des documents guides pour l’utilisation des conseils de prudence et des pictogrammes de mise en garde, et la préparation des fiches de données de sécurité (FDS). La première édition révisée du SGH, publiée en 2005, tenait compte de tous ces amendements.

À sa troisième session (15 décembre 2006), le Comité d’experts a adopté une série d’amendements au SGH qui a été diffusée sous les cotes ST/SG/AC.10/34/Add.3 et ST/SG/AC.10/34/Add.3/Corr.1. La deuxième édition révisée du SGH tient compte de tous ces amendements qui comprennent de nouvelles dispositions et diverses dispositions révisées concernant notamment : la classification et l’étiquetage des matières et objets explosibles ; les sensibilisants respiratoires ou cutanés ; les gaz et les mélanges de gaz toxiques par inhalation ; l'interprétation de l'approche modulaire et l’évaluation du potentiel cancérogène des produits chimiques ; et la codification des mentions de danger et des conseils de prudence.

Le système est donc prêt à être appliqué. Des informations sur la mise en oeuvre du SGH par pays sont disponibles (en anglais seulement) sur la page suivant le lien "SGH: mise en oeuvre" dans le menu à gauche.